Guanaja zeichnet sich als die am hügligsten, üppigste, unberührteste und am dünnsten besiedelte Insel der drei großen Bay Inseln von Honduras aus. Sie befindet sich rund 10 Meilen / 16 Kilometer östlich von Roatán und erstreckt sich über eine Länge von etwa 11 Meilen / 17.5 Kilometer bei einer Breite von knapp 2.5 Meilen / 4 Kilometer. Auf der Insel gibt es lediglich eine einzige Straße, die von Savannah Bight im Osten bis Mangrove Bight im Westen verläuft. Jegliche Fortbewegung wird mit Booten über das Meer durchgeführt.
Während seiner vierten Expedition in die Neue Welt legte Christoph Kolumbus hier einen Halt ein. Wie auch die anderen Bay Inseln stand Guanaja einst unter britischer Kontrolle und war hauptsächlich von Piraten, Gesetzlosen und afrikanischen Sklaven bewohnt. Die Insel samt den dazugehörigen Cays, welche das Ende des mesoamerikanischen Barriereriffs markieren, stehen unter dem Schutz des Weltkulturerbes und bieten so für Taucher, Schnorchler und Erholungssuchende einen idealen Rückzugsort fernab des Massentourismus.